14 апреля 1999 года назначен специальным представителем главы государства по урегулированию ситуации вокруг Югославии.
В июле 1999 года назначен председателем совета директоров Газпрома.
19 декабря 1999 года участвовал в выборах в Государственную думу по Ямало-Ненецкому округу и набрал около 80% голосов избирателей.
В марте 2000 года создал межфракционную группу депутатов «Энергия России» (цель объединения — обсуждение законов по топливно-энергетическому комплексу для ускорения их принятия Госдумой).
В июле 2000 года стал председателем попечительского совета фонда развития образования города Буденновска, подвергнувшегося в июне 1995 года налету банды Басаева.
10 мая 2001 года назначен послом России на Украине, а также спецпредставителем президента по развитию российско-украинских торгово-экономических связей.
В марте 2002 года Черномырдину была вручена международная премия украинской общенациональной программы «Человек года-2001».
1 сентября 2003 года Черномырдин стал почетным студентом Института филологии Киевского национального университета.